RSUD dr. Soedono Madiun merupakan Rumah Sakit Pendidikan Utama Fakultas Kedokteran Universitas Islam Yogyakarta yang mempunyai fungsi sebagai tempat pendidikan, penelitian, dan pelayanan kesehatan secara terpadu dalam bidang pendidikan kedokteran dan/atau kedokteran gigi, pendidikan berkelanjutan, dan pendidikan kesehatan lainnya secara multiprofesi
Komite koordinasi pendidikan merupakan unit fungsional dan berkedudukan di Rumah Sakit Pendidikan.

     RSUD dr. Soedono Madiun telah menjalin kerjsama dengan Fakultas Kedokteran Universitas Islam Indonesia Yogyakarta untuk melakukan kegiatan pendidikan kepaniteraan klinik dokter muda. Disamping itu kita juga bekerjasama dengan Rumah Sakit jejaring lainnya untuk pencapaian kompetensi dokter muda yang tidak bisa didapat di RSUD dr. Soedono Madiun.